A opção de utilizar glifosato no manejo de plantas daninhas em soja RR é o que faz muitos produtores optarem por cultivares transgênicas. Contudo, têm ocorrido o aumento de ervas daninhas tolerantes e resistentes ao herbicida, para solucionar esse problema, tem-se utilizado a soja convencional como uma alternativa.
Ao utilizar a soja convencional, o produtor tem a opção de utilizar herbicidas tradicionais, sem o glifosato, economizando assim a aplicação do glifosato. Quando o produtor entra com a soja convencional, seguida da aplicação de um pré-emergente ou de pós-emergentes com outros mecanismos e ação, realiza o controle da mesma forma, possibilitando assim um maior ganho financeiro, comparado à soja transgênica. Isso porque o bônus pago por saca de soja convencional chega à R$ 10 por saca.
No caso da soja convencional, o pesquisador da Embrapa Sidnei Cavalieri, recomenda a aplicação de herbicida pré-emergente para possibilitar que a cultura se desenvolva no limpo desde o início. Até porque há uma limitação quanto ao estágio de controle com pós-emergente. Se caso começar a chover muito na época em que a soja está se desenvolvendo e passar o ponto indicado para controle, o produtor terá dificuldades de controle usando somente pós-emergentes. Nesse caso a aplicação é fundamental a aplicação dos pré-emergentes, com os pós-emergentes entrando para complementar o controle.