De acordo com a Associação brasileira dos Produtores de Sementes de Soja (ABRASS), cerca de 30% das sementes de soja plantadas no Brasil não estão em conformidade legal, ou seja, são pirateadas. A pirataria de sementes traz inúmeros riscos fitossanitários a sojicultora, pois possibilita a disseminação de doenças e pragas que podem causar grandes prejuízos aos produtores de toda a região. Os prejuízos podem superar a casa dos R$ 2 bilhões por safra.
A pirataria além de trazer prejuízos diretos ao produtor que faz uso dela, também prejudica toda a cadeia produtiva da soja, uma vez que são sementes sem garantia de procedência e de qualidade, sem assistência técnica que trazem grandes riscos. A falta de comprovação de pureza varietal ou que a cultivar oferecida é realmente apresentada é uma característica do mercado ilegal, portanto o produtor deve ficar atento.
O produtor que cultiva, vende ou compra sementes piratas, podem sofrer penalidades que vão desde multas de até 250% sobre o valor do produto, até sansões e apreensão de toda a produção. Sementes sem origem também não são assistidas pelo Seguro Rural, o que deixa a produção descoberta.
No caso da Intacta, toda soja entregue para comercialização que não apresentar comprovante de pagamento de royalties será penalizada com desconto de 7,5%, de acordo com a Lei de Patentes (9.279/1996), valor muito superior ao pagamento da taxa tecnológica. Portanto, a pirataria não constitui uma pratica que gera economia e sim prejuízos.